| Filial | 46.853.800/0002-37 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | TAUBATE / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0003-18 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | PINDAMONHANGABA / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0005-80 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | RIBEIRAO PRETO / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0006-60 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | GUARATINGUETA / SP | Inativa | |
| Filial | 46.853.800/0010-47 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | SAO JOSE DO RIO PRETO / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0011-28 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | CANANEIA / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0012-09 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | ITANHAEM / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0013-90 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | REGISTRO / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0014-70 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | PIRAJU / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0015-51 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | PRESIDENTE PRUDENTE / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0016-32 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | IGUAPE / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0017-13 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | SAO PAULO / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0018-02 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | OSASCO / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0019-85 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | GUARULHOS / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0020-19 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | SAO PAULO / SP | Ativa | atual |
| Filial | 46.853.800/0021-08 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | MOGI DAS CRUZES / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0022-80 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | NOVO HORIZONTE / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0023-61 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | BIRIGUI / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0024-42 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | MOGI DAS CRUZES / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0025-23 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | MOGI DAS CRUZES / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0026-04 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | SALESOPOLIS / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0027-95 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | SAO PAULO / SP | Inativa | |
| Filial | 46.853.800/0028-76 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | SAO PAULO / SP | Inativa | |
| Filial | 46.853.800/0029-57 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | OSASCO / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0030-90 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | SAO PAULO / SP | Inativa | |
| Filial | 46.853.800/0031-71 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | SAO PAULO / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0032-52 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | SALESOPOLIS / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0033-33 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | CAPIVARI / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0034-14 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | ARARAQUARA / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0035-03 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | MARILIA / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0037-67 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | MOGI MIRIM / SP | Ativa | |
| Filial | 46.853.800/0039-29 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | SAO PAULO / SP | Ativa | |
| Matriz | 46.853.800/0001-56 | AGENCIA DE AGUAS DO ESTADO DE SAO PAULO - SP-AGUAS | SAO PAULO / SP | Ativa | |